El aprendizaje del Reiki suele comenzar con el Sistema Usui Tradicional Japonés, que consta de 4 niveles (Shoden o elemental, Okuden o avanzado, Shinpiden o arcano y Gokuikaiden o Maestría). Este Sistema fue introducido en España por primera vez en 1998 por Antonio Moraga, tras su segunda visita de investigación a Japón, en busca de los orígenes del Reiki.
El origen de este Sistema es Mikao Usui Sensei, quien copiló y desarrolló gran parte de sus técnicas, y reintrodujo el Reiki tal y como lo conocemos hoy en el planeta, tras muchos años de haberse mantenido oculto entre selectas minorías.
Las técnicas y símbolos de este Sistema (7 en total, según lo enseñamos en la Alianza Española de Reiki®, de los cuales 4 fueron introducidos en el Sistema por el propio Usui Sensei) permiten trabajar ampliamente los planos físico, mental, emocional y un primer aspecto del plano espiritual del practicante.
Este Sistema es la base de toda formación en Reiki, tanto para terapéutas como maestros/profesores.
El Sistema Usui Japonés de Alianza Española de Reiki® es actualmente el más completo en lo que respecta a contenidos del Reiki Tradicional Japonés y del Reiki Japonés Moderno, ya que contiene enseñanzas del sistema Usui Shiki Ryoho original japonés, así como todas las enseñanzas y contenidos de Gendai Reiki-Ho, Rei-Do Reiki y Shinden Reiki.
Los practicantes y maestros titulados por la Alianza Española de Reiki® forman parte del linaje de las mencionadas escuelas japonesas y reciben el más alto y completo nivel de formación reconocido a nivel internacional.